04.10.2024  |  Yazar: Özkan KORKMAZ

NGS Analizi Nedir?

NGS (Next-Generation Sequencing), genetik materyalin büyük miktarlarda ve yüksek hızda dizilenmesini sağlayan bir teknolojidir. Geleneksel dizileme yöntemlerine göre çok daha hızlı ve maliyet etkin bir çözüm sunar. NGS, genetik varyasyonları tespit etmek, gen ekspresyonunu ölçmek ve genom haritalarını çıkarmak için kullanılır.

NGS Analizinin Adımları

NGS analizi, genetik materyalin doğru bir şekilde analiz edilmesi için birkaç aşamadan oluşur. İlk olarak, uygun kalitede numuneler toplanır ve DNA veya RNA izole edilir. Bu aşamayı takiben, izole edilen genetik materyal dizileme için hazırlanan bir kütüphaneye dönüştürülür. Sonrasında, dizileme cihazları kullanılarak genetik materyal hızlı ve hassas bir şekilde okunur, ardından büyük veri setleri elde edilir. Elde edilen veriler, bioenformatik araçlarla analiz edilerek anlamlı sonuçlara dönüştürülür. Bu süreçler, genetik varyasyonları ve biyolojik bilgileri detaylı bir şekilde incelemeyi sağlar.

1.       Numune Toplama ve Hazırlık

NGS analizi için ilk adım, uygun kalitede numune toplamaktır. Numuneler genellikle kan, doku, veya biyolojik sıvılardan alınır. Numune toplandıktan sonra, DNA veya RNA izolasyonu yapılır. İzolasyonun kalitesi, analiz sonuçlarının doğruluğunu doğrudan etkiler.

2.       Kütüphane Hazırlığı

DNA veya RNA izolasyonundan sonra, dizileme kütüphanesi hazırlanır. Bu aşamada, genetik materyalin belirli bir uzunlukta kesilmesi ve uygun adaptörlerle etiketlenmesi gerekir. Kütüphane hazırlığı, dizileme işlemi için gereken veriyi sağlar ve dizileme platformuna uyumlu hale getirir.

3.       Dizileme

Kütüphane hazır olduktan sonra, dizileme işlemi başlar. Bu aşamada, DNA veya RNA parçaları dizilenir ve veri toplama işlemi gerçekleştirilir. NGS cihazları, genetik materyali hızlı ve hassas bir şekilde analiz eder, bu sayede milyonlarca parçayı kısa sürede dizileyebilir.

4.       Veri Analizi

Dizileme işlemi tamamlandıktan sonra, büyük miktarda veri elde edilir. Bu verilerin analizi, genetik varyasyonları ve biyolojik anlamları ortaya çıkarmak için yapılır. Veri analizi genellikle bioenformatik araçlar ve yazılımlar kullanılarak yapılır. Analiz sırasında, veriler genellikle referans genomlarla karşılaştırılır ve anlamlı biyolojik sonuçlar çıkarılır.

5.       Sonuçların Yorumlanması

Sonuçlar elde edildikten sonra, bilimsel veya klinik anlamda yorumlanır. Bu aşamada, genetik varyasyonlar, gen ekspresyon seviyeleri ve diğer biyolojik veriler değerlendirilir. Yorumlama, analiz sonuçlarının amaca uygun olarak kullanılması için kritik bir adımdır.

NGS Analizinin Avantajları

NGS analizinin sağladığı bazı avantajlar vardır. Hızlı ve maliyetin etkin olması, yüksek çözünürlük sunması ve kapsamlı veriler sunması gibi çeşitli avantajlara sahiptir. Bu nedenle yaptırılması uygun görülen bir analizdir.

İşte NGS analizinin sağladığı bazı avantajlar…

1-      Hızlı ve Maliyet Etkin

NGS (Next-Generation Sequencing), geleneksel dizileme yöntemlerine kıyasla büyük ölçüde hız ve maliyet avantajı sunar. Geleneksel dizileme teknikleri, her bir gen veya genom parçasını sırayla analiz ederken, NGS aynı anda milyonlarca dizilim parçasını işleyebilir. Bu, analiz süresini önemli ölçüde kısaltır ve büyük ölçekli projeler için ekonomik bir çözüm sunar. Yüksek verimliliği sayesinde, araştırma ve klinik uygulamalar için büyük veri setlerinin elde edilmesini daha uygun fiyatlarla sağlar.

2-      Yüksek Çözünürlük

NGS teknolojisi, genetik materyali çok yüksek çözünürlükte analiz edebilir. Bu yüksek çözünürlük, genetik varyasyonların ve küçük mutasyonların hassas bir şekilde tespit edilmesini mümkün kılar. Her bir DNA veya RNA parçasının ayrıntılı bir şekilde dizilenmesi, araştırmacıların genomdaki küçük değişiklikleri ve nadir varyasyonları net bir şekilde görmelerini sağlar. Bu özellik, genetik hastalıkların ve biyolojik süreçlerin derinlemesine incelenmesi için kritik öneme sahiptir.

3-      Kapsamlı Veri

NGS, genomun tüm bölgelerini kapsamlı bir şekilde analiz etme kapasitesine sahiptir. Geleneksel dizileme yöntemleri genellikle sadece belirli gen bölgelerine odaklanırken, NGS teknolojisi genomun her köşesine ulaşabilir ve geniş veri setleri sunar. Bu kapsamlı veri, genetik araştırmaların yanı sıra kişisel genetik profilleme, kanser araştırmaları ve evrimsel biyoloji gibi geniş bir uygulama yelpazesine hizmet eder. Ayrıca, bu geniş veri setleri, biyolojik keşifleri hızlandırır ve bilimsel anlayışı derinleştirir.

Sıkça Sorulan Sorular

NGS Analizi Nedir?

NGS analizi, DNA ve RNA dizilimlerinin yüksek hızda ve verimli bir şekilde analiz edilmesini sağlayan bir teknoloji yöntemidir. Genetik varyasyonları ve biyolojik verileri anlamak için kullanılır.

NGS Analizi Nasıl Yapılır?

NGS analizi, numune toplama, kütüphane hazırlığı, dizileme, veri analizi ve sonuçların yorumlanması gibi adımları içerir. Her aşama, doğru ve güvenilir sonuçlar elde etmek için kritik öneme sahiptir.

NGS Analizinin Avantajları Nelerdir?

NGS analizi, hızlı ve maliyet etkin olması, yüksek çözünürlük sunması ve kapsamlı veri sağlaması gibi avantajlar sunar. Bu özellikler, genetik ve genomik araştırmaların daha etkili bir şekilde yapılmasını sağlar.

NGS Analizi Nerelerde Kullanılır?

NGS analizi, genetik hastalıkların araştırılmasında, kanser araştırmalarında, kişisel genomik analizlerde ve biyomarker keşiflerinde yaygın olarak kullanılır. Ayrıca, bitki ve hayvan genomlarının analizinde de önemli bir rol oynar.

NGS analizi hakkında daha fazla bilgi almak veya uygulamalı bir rehber arayışında iseniz, uzmanlarla iletişime geçebilir veya ilgili literatürü inceleyebilirsiniz.